Alguns personagens confirmados em Naruto Shippuden Ultimate Ninja Storm 3...

Os nove Jinchuriki:
Naruto,
Gaara,
Killer B,
Yugito,
Yagura,
Roshi,
Han,
Utakata,
Fu,
Ginkaku,
Kinkaku,
Sarutobi Asuma,
Deidara,
Kushina Uzumaki,
Mifune,
Hanzo,
Darui,
Mizukage,
Tsuchikage,
Raikage,
Kazekage,
A versão Hokage de Naruto
Os sete espadachins da névoa.
Sarutobi e  Deidara serão jogáveis e poderão ser utilizados usando a forma “Edo Tensei“.